Binnen de afdeling Histologie neemt Immunopathologie een aparte plek in. Op deze subafdeling werken circa 12 analisten die aanvullend onderzoek verrichten om een diagnose scherper te krijgen en/of behandelingsconsequenties te kunnen inschatten. In de meeste gevallen gaat het om onderzoek naar tumoren.

Waar standaard histologisch onderzoek werkt met de HE-kleuring, gaat het bij immunologisch onderzoek om allerlei speciale kleuringen met antilichamen. Dit worden IHC-kleuringen genoemd (IHC = ImmunoHistoChemie). Het zijn overwegend kleuringen in bruintinten, maar soms wordt voor een fluorescerend substraat gekozen.
Onderliggend idee is dat elke tumorsoort wordt gekenmerkt door unieke eiwitten. Momenteel zijn er 150 verschillende typen antilichamen, 'markers' genoemd, die zich ieder aan een specifieke eiwitsoort kunnen binden. Na kleuring van een coupe met een bepaalde marker kan met behulp van een lichtmicroscoop worden vastgesteld om welk eiwit het gaat. Oftewel: van welke tumorsoort sprake is, waar de uitzaaiingen in oorsprong vandaan komen, welke medische onderzoeken verder dienen plaats te vinden en/of welke behandelingstherapie het meest geëigend is. De klinisch patholoog vervult hierin een adviserende rol naar de behandelend arts.IHC-kleuringen (IHC = ImmunoHistoChemie) zijn overwegend kleuringen in bruintinten

LabPON voert jaarlijks op circa 15.000 weefselstukjes immunologisch onderzoek uit. Dit betekent dat ongeveer een kwart van de materialen die histologisch zijn onderzocht aansluitend verder worden geanalyseerd met behulp van een IHC-kleuring.