Moleculaire diagnostiek

Contact:

Boerhaavelaan 59
7555 BB te Hengelo
T 088-5374500
F 088-5374501
Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.

logo2trans

Kanker is een ziekte van het DNA. Beschadigingen aan het DNA van een lichaamscel kunnen ertoe leiden dat deze verandert in een kankercel, die kan uitgroeien tot een tumor. In de moleculaire pathologie wordt het weefsel van de patiënt onderzocht op de aanwezigheid van DNA schade. De schade kan bestaan als mutaties, maar ook als chromosomale afwijkingen of veranderde genexpressies. Op basis van het uitgevoerde moleculaire onderzoek kan met meer zekerheid een uitspraak worden gedaan over de diagnose, de prognose of de slagingskans van beschikbare behandelingen. Door het DNA (of soms het RNA) van de tumor te analyseren op de aanwezigheid van mutaties of chromosomale veranderingen kan meestal een goede inschatting worden gemaakt over de slagingskans van beschikbare behandelingen, de zogenaamde gepersonaliseerde behandelingen. Hiermee wordt voorkomen dat patiënten worden blootgesteld aan behandelingen die naar verwachting weinig effect zullen hebben en waarmee dus tijd (voor de patiënt) en geld (voor de zorg) wordt bespaard.

De moleculaire diagnostiek wordt ook gebruikt om met meer zekerheid te kunnen vaststellen of afwijkingen goed- of kwaadaardig zijn en om welke vorm van kanker het gaat. Door de genetische afwijkingen moleculair te onderzoeken, kan in sommige gevallen beter worden voorspeld hoe agressief de tumor is en hoe het ziektebeloop naar verwachting zal zijn. Dit geeft meer duidelijkheid voor de patiënt en voor de behandelend arts. Ook is het mogelijk om te bepalen of er sprake kan zijn van een erfelijke vorm van kanker. Is op basis van het moleculaire onderzoek deze kans aanwezig, dan zal de patiënt meestal worden doorverwezen naar de klinische genetica voor verder genetisch onderzoek, waarbij eventueel ook familieleden van de patiënt in het onderzoek worden meegenomen. Op die manier kan het risico op kanker bij veel mensen vroegtijdig worden getraceerd, met optimale kansen voor de behandeling.

Contact

Voor meer informatie kunt u contact opnemen met Robert van der Geize, klinisch moleculair bioloog of Maria Tebar, moleculair patholoog (tel. 088-5374500).

Personalised_Medicin
Moleculair onderzoek voor gepersonaliseerde behandelingen van kankerpatiënten. Bron: biosky.co

Moleculair onderzoek en Moleculaire technieken

Moleculair onderzoek

Voor het moleculaire onderzoek wordt het tumorweefsel dat bij de patiënt is afgenomen eerst door de patholoog macro- en microscopisch onderzocht. Op basis van dit onderzoek wordt bepaald of er aanleiding is om moleculair onderzoek te gaan uitvoeren. Hiervoor wordt het meest geschikte tumormateriaal door de moleculair patholoog geselecteerd. De tumorcellen worden door de moleculair analist met behulp van een stereomicroscoop selectief van een glaasje met tumorweefsel afgehaald (microdissectie) en deze cellen worden gebruikt voor de isolatie van het DNA en/of RNA.Het DNA/RNA kan daarna op de aanwezigheid van genetische afwijkingen worden onderzocht, waarbij gebruik wordt gemaakt van moderne moleculaire technieken en innovatieve state-of-the-art analyse apparatuur. De moleculair analisten, moleculair pathologen en de klinisch moleculair bioloog werken daarbij nauw met elkaar samen.

Stereomicroscoop 2Stereomicroscoop 1

Stereomicroscoop voor microdissectie van tumorcellen.

BENODIGD MATERIAAL

Het moleculaire onderzoek kan worden uitgevoerd op representatief formaline-gefixeerd paraffineingebed (FFPE) weefsel, vriesmateriaal of (ingeblokt) cytologiemateriaal met voldoende neoplastische cellen (bij voorkeur minimaal 30% eventueel na microdissectie). De betrouwbaarheid van een negatieve uitslag neemt bij de meeste onderzoeken af bij percentages van neoplastische cellen lager dan 30%.

DOORLOOPTIJD

Alle moleculaire aanvragen worden direct in behandeling genomen. Afhankelijk van het type moleculaire onderzoek hebben de meeste aanvragen een doorlooptijd van 3-5 werkdagen na ontvangst van het materiaal.

Moleculaire technieken

Met behulp van moderne, state-of-the-art technieken worden de moleculaire karakteristieken van de tumor bepaald. Voor de isolatie van het DNA/RNA wordt gebruikt gemaakt van geautomatiseerde
nucleïnezuur extractie waardoor betrouwbaar, snel en efficiënt zeer zuiver DNA/RNA kan worden geïsoleerd.

LabPonApparatuurWeb500PX 6Geautomatiseerde DNA en RNA isolatie uit tumorweefsel

NEXT GENERATION SEQUENCING

Met geavanceerde sequentie analyse technieken kunnen afwijkingen in het DNA en RNA worden opgespoord. De hoeveelheid beschikbaar tumorweefsel voor moleculair onderzoek is vaak erg beperkt, waardoor relatief weinig DNA en RNA materiaal uit de tumor kan worden geïsoleerd. Next Generation Sequencing (NGS) is een zeer efficiënte sequentieanalyse techniek, waarmee met kleine hoeveelheden genetisch materiaal een grote hoeveelheid aan genetische informatie over de tumor verkregen kan worden. Voor analyse van al deze data wordt gebruik gemaakt van gespecialiseerde bio-informatica software, waarmee de sequentieanalyse resultaten inzichtelijk kunnen worden gemaakt en afwijkingen in het tumor DNA betrouwbaar kunnen worden gedetecteerd.

Ion GeneStudio S5Ion GeneStudio S5 Prime voor Next Generation Sequencing

IN SITU HYBRIDISATIE

Met in-situ hybridisatie (ISH) kunnen genetische afwijkingen als gen-amplificaties en chromosomale herrangschikkingen (deleties, translocaties) worden aangetoond. ISH is een methode om DNA of RNA zichtbaar te maken in het weefsel met de tumorcellen. Het weefsel wordt met enzymen behandeld waardoor de tumorcellen permeabel worden zodat het DNA/RNA in de celkern toegankelijk wordt voor chromogene of fluorescente detectie probes. De celkernen worden tegengekleurd met een kernkleurstof. De chromogene signalen (CISH) worden geanalyseerd met een lichtmicroscoop, fluorescerende signalen (FISH) met een fluorescentiemicroscoop. De analyse wordt ondersteund door geavanceerde beeldanalyse software. Vastgestelde chromosomale afwijkingen kunnen voorspellend zijn voor de responskans van een behandeling (bijv. borstkanker) of helpen bij het vaststellen van de diagnose.

beeldanalyseComputergestuurde beeldanalyse voor detectie van chromosomale afwijkingen

HPV GENOTYPERING MET qPCR

Baarmoederhalskanker wordt veroorzaakt door het humaan papillomavirus (HPV). Het HPV virus kan met PCR (polymerase chain reaction) worden aangetoond in een cervicale uitstrijk. Het moleculaire laboratorium heeft hiervoor een eigen PCR test ontwikkeld. Deze test wordt ingezet als bij cytologisch onderzoek van de uitstrijk een morfologische afwijking wordt gevonden. Het bijzondere ten opzichte van andere bestaande testen is dat deze HPV-test precies kan uitwijzen om welk HPVrisicotype het gaat. De volgende HPV genotypen kunnen met de test worden gedetecteerd: Hoog-risico (17 typen): 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73 en 82 Laag-risico (2 typen): 6 en 11 De test is gebaseerd op een kwantitatieve multiplex PCR (qPCR) methode, waarbij als klinische drempelwaarde voor HPV-positiviteit een Ct-waarde kleiner dan 33,0 wordt gebruikt (Ct<33,0).

 tecanTecan Fluent liquid handler voor HPV analyse

 

Overzicht bepalingen moleculaire diagnostiek

Het laboratorium voor pathologie (LabPON) streeft ernaar om alle benodigde moleculaire diagnostiek zo veel mogelijk op het eigen laboratorium uit te voeren. In enkele gevallen wordt het onderzoek uitbesteed, bijvoorbeeld als het gaat om bepalingen die weinig voorkomen of waar zeer specialistische kennis voor nodig is. In de onderstaande tabel wordt een overzicht weergegeven van de moleculaire bepalingen die op het moleculaire laboratorium worden uitgevoerd.

BepalingTechniekMoleculaire markersInformatie
Baarmoederhalskanker

 

Virale infectie HPV
qPCR

Detectie van 17 hoog risico HPV typen (16, 18, 33, 35, 39, 45, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73, 82) en 2 laag risico HPV typen (6, 11).

Drempelwaarde klinisch positief Ct < 33,0

Borsttumor
Gen amplificatie
IHC, FISH

HER2/neu, ERBB2

Colorectaal carcinoom
Mutatieanalyse
NGS

KRAS, NRAS, BRAF

Ion Ampliseq TM CL17 panel
Microsatelliet instabiliteit (MSI)
PCR

Microsatellieten NR21, BAT26, BAT25, NR24 en MONO27

Hyper-methylering
qPCR

MLH-1 promotor

Condylomen
Virale infectie HPV
qPCR

Detectie van 17 hoog risico HPV typen (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73, 82) en 2 laag risico HPV typen (6, 11).

Drempelwaarde klinisch positief Ct < 33,0

Gastro-intestinale stroma tumor
Mutatieanalyse
NGS

KIT, PDGFRA

Ion Ampliseq TM CL17 panel
Glioom
Mutatieanalyse en CNV
NGS

IDH1, IDH2, ATRX, TP53, PTEN, CIC, FUBP1, BRAF, H3F3A, TERT CNV van chr1p, chr19q, chr7 en chr10q

Ion Ampliseq TM Neuropanel
Hyper-methylering
ms PCR

MGMT promotor

Chromosomale her-rangschikkingen
FISH

1p19q co-deletie

Longcarcinoom
Mutatieanalyse
NGS

EGFR incl. resistentie mutaties p.(T790M) en p.(C797S), KRAS, BRAF, ERBB2, MET exon 14 skipping

Ion Ampliseq TM CL17 panel
Chromosomale her-rangschikking en amplificatie
IHC, FISH
NGS RNA

Herrangschikking: ALK, ROS1, RET
NTRK1/2/3, NRG1
Amplificatie: MET

Archer FusionPlex®
Lymfoom
B-cel clonaliteitsanalyse
PCR

Biomed-2 IgH, IgK

Mutatieanalyse
NGS

MYD88

Ion Ampliseq TM CL17 panel
Chromosomale her-rangschikkingen
FISH

cMYC, BCL2, BCL6, t(14;18)

Virale infectie EBV
CISH

EBER (Epstein–Barr virus-encoded small RNA)

Melanoom
Mutatieanalyse
NGS

BRAF, NRAS, HRAS, KIT, GNA11, GNAQ

Ion Ampliseq TM CL17 panel
Ovariumcarcinoom
Mutatieanalyse
NGS, MLPA

BRCA1, BRCA2

Oncomine TM BRCA Research panel
Prostaatcarcinoom
Mutatieanalyse
NGS, MLPA

BRCA1, BRCA2

Oncomine TM BRCA Research panel
Sarcoom
Gen amplificatie
FISH

MDM2, cMYC

Schildkliercarcinoom
Mutatieanalyse
NGS, MLPA

BRAF, KRAS, NRAS, HRAS

Ion Ampliseq TM CL17 panel
Solide tumor
Clonale verwantschap analyse
NGS

TP53

Ion Ampliseq TM Lung and Colon Research panel v2
Weefselverwisseling
Haplo-typering
PCR

16 loci inclusief sexe locus

  • NGS

    Next Generation Sequencing (targeted)

  • FISH

    Fluorescentie In Situ Hybridisatie

  • PCR

    Polymerase chain reaction

  • qPCR

    Kwantitatieve PCR

  • MLPA

    Multiplex Ligation Probe Amplification

  • ms-PCR

    Methylatie-specifieke PCR

  • ms-MLPA

    Methylatie-specifieke MLPA

  • IHC

    Immunohistochemie

  • CNV

    Copy Number Variation

COPYRIGHTS 2021 LABORATORIUM PATHOLOGIE OOST-NEDERLAND